Los registros antiguos más confiables identifican el lugar del martirio y entierro de San Judas como la ciudad de Beirut. Existe la referencia que en el año 800, el Papa León III le presentó a Carlo Magno las reliquias de los mártires Simón y Tadeo, las cuales son depositadas en la Basílica de San Pedro y otros fragmentos de dichas reliquias en la Basílica de San Saturnino de Tolosa en Francia. Razón por la cual la iglesia celebra la festividad de los santos mártires Simón y Tadeo el mismo día. 

Hoy en día, sus restos se encuentran en el transepto izquierdo de la actual Basílica (terminada en 1626), debajo del altar mayor de San José, dentro de una tumba que también contiene los restos del apóstol Simón. Por esos tiempos, es construida una pequeña iglesia dedicada a San Judas Tadeo, llamada por los lugareños, iglesia de San Tadeo, que pasaría a ser la parroquia del lugar. 

Este templo va a ser importante en la historia de la reliquia de San Judas ya que tras el deterioro y la posterior desaparición de la iglesia de San Tadeo que fuera la parroquia de la zona, esta iglesia llamada por los lugareños de “San Salvatore in Lauro” (San Salvador de los Laureles) paso a ser la parroquia oficial y la reliquia de San Judas fue llevada a esta iglesia.

En antiguos documentos se hablaba de la reliquia del brazo de san Judas, va a ser hasta 1830 durante la renovación del altar principal de la iglesia, que se descubrió en su interior la preciosa reliquia del apóstol: el hueso de uno de sus brazos. La reliquia fue colocada por el párroco de la época monseñor Sirolli, creado posteriormente obispo, en un relicario de madera en forma de brazo bendiciente, y certificada por el entonces Cardenal vicario Carlo Odescalchi.

Tras el estudio de la documentación histórica, la tradición y los pergaminos encontrados junto a la reliquia, el vicariato de Roma y la Congregación para las causas de los santos del Vaticano declararon la autenticidad de la insigne reliquia colocando sus sellos con lacre.